В ответ на пандемию коронавируса NVIDIA предлагает вооружиться инструментами, которые помогут понять природу COVID-19 и найти ему эффективное противодействие.
Начиная с сегодняшнего дня, NVIDIA бесплатно предоставляет 90-дневную лицензию на Parabricks всем исследователям нового коронавируса. ПО Parabricks основано на популярном наборе инструментов Genome Analysis и работает на базе GPU, ускоряя анализ данных в секвенциях до 50 раз. NVIDIA следит за ситуацией, и готова продлевать доступ по мере необходимости.
Для исследователей, работающих с секвенированием с длительным считыванием Oxford Nanopore, на GitHub доступен репозитарий инструментов, ускоряемых на GPU. Ускорение на графических процессорах NVIDIA также поддерживают такие приложения, как Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
В настоящий момент исследователи секвенируют как геном коронавируса, так и геномы людей, заболевших COVID-19, чтобы понять, как распространяется болезнь и кого она затрагивает в первую очередь. Однако анализ последовательностей геномов занимает много времени и требует существенных вычислительных ресурсов.
Ускорение научных исследований уже давно является одной из приоритетных задач NVIDIA. Команда Parabricks вошла в состав NVIDIA в декабре 2019, дополнив существующий инструментарий NVIDIA новейшими инструментами в области секвенирования генома. Инструменты Parabriks помогают сократить время определения вариантов генома человека от дней до часа всего на одном сервере.
Учитывая беспрецедентную скорость развития пандемии, такое быстрое получение результатов может помочь быстрее понять эволюцию вируса, чтобы быстрее создать эффективные вакцины.
